En 1994, l'Association des services de garde en milieu scolaire du Québec (ASGEMSQ) met sur pied le Projet « L'insertion sociale des enfants handicapés par leur intégration en services de garde en milieu scolaire » (Projet ISEHMS), afin de sensibiliser et de soutenir les éducatrices en services de garde qui commençaient à intégrer des enfants ayant une déficience. L'Association collabore avec la Confédération des organismes de personnes handicapées du Québec (COPHAN) afin que le Projet ISEHMS réponde aux critères d'admissibilité du Programme d'action communautaire pour les enfants (PACE).
Dix ans plus tard, avec l'appui de nombreux services de garde en milieu scolaire et de partenaires, le Projet amorce une démarche d'incorporation pour répondre aux critères du bailleur de fonds et surtout pour se donner les conditions afin de répondre à l'augmentation des demandes de services. L'organisme communautaire provincial Intégration sociale des enfants handicapés en milieu de garde (ISEHMG) est créé le 13 mai 2004.
En 2006, ISEHMG est reconnu par le Ministère de la Santé et des Services sociaux du Québec (MSSS) comme organisme communautaire provincial de services, dans le cadre du Programme de soutien aux organismes communautaires (PSOC). Il est également enregistré comme organisme de bienfaisance. Il deviendra officiellement l'organisme qui chapeaute les activités du Projet ISEHMS le 1er avril 2007.
De plus, le Conseil supérieur de l'éducation, dans son Avis sur la qualité des services de garde en milieu scolaire de septembre 2006, à la page 56, reconnaît qu'ISEHMG possède une expertise à promouvoir et que l'organisme est une ressource pertinente pour soutenir l'intégration des enfants ayant une déficience.